《物理评论A》

用矩形拉曼脉冲实现序贯大动量传递

美国佛罗里达州的独立研究者B.Dubetsky等人利用矩形拉曼脉冲实现了序贯大动量传递。相关研究12月8日发表于《物理评论A》。

研究人员提出了使用矩形拉曼脉冲进行顺序大动量转移的方法。结果表明,该技术用于精确原子干涉测量的小参数是布拉格体系的1/200~1/40。

据预测,在辅助脉冲的非等距定时情blog.byteway.net况下,研究人员可以观察到干涉图像的时间振荡,其周期与反冲频率成反比,从而证实马赫-曾德尔原子干涉是由原子质心运动的量子化引起的现象。这种效应可以对任何形状的脉冲进行计算,也可以在布拉格体系中被观察到。

研究人员建议采用非连续复合拉曼脉冲作为辅助分束器,以确保整个过程的有效拉比频率保持不变。他们计算了任意形状、持续时间和拉曼脉冲定时的原子干涉仪引力相位,包括布拉格体系。对于矩形拉曼脉冲形状,他们还计算了由有限脉冲持续时间引起的相位修正。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1103/PhysRevA.108.063308

《细胞》

中晚期妊娠和糖尿病妊娠胎儿代谢图谱问世

美国加州大学洛杉矶分校Heather R. Christofk等人绘制了中晚期妊娠和糖尿病妊娠的胎儿代谢图谱。相关研究12月8日在线发表于《细胞》。

研究人员展示了正常妊娠和糖尿病妊娠中晚期老鼠的胎儿体内代谢的描述性图谱。他们使用13C-葡萄糖和液相色谱-质谱,分析了在胚胎10.5天到18.5天期间从怀孕母鼠身上采集的胎儿大脑、心脏、肝脏和胎盘的代谢情况。这些分析揭示了高血糖环境中特有的代谢特征,以及可能表现正常血糖发育过程中发育转变的特征。研究人员观察到山梨醇在胎儿组织中的积累,以及从高血糖母体分离的胎儿大脑中神经递质水平的改变。

13C-葡萄糖追踪显示,胎儿的营养来源依据母体血糖状态而异。无论血糖状态如何,组氨酸衍生代谢物都会在晚期胎儿组织中积累。研究人员通过数据集全面展示了母体内胎儿组织代谢以及母体高血糖引起的变化。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.11.011

《自然-方法学》

冷冻电镜蛋白质结构建模集成

美国普渡大学Daisuke Kihara团队利用深度学习和结构预测,实现了冷冻电镜蛋白质结构建模集成。相关研究12月8日在线发表于《自然-方法学》。

研究人员开发了一种蛋白质结构建模方法——DeepMainmast,该方法采用深度学习捕捉氨基酸和原子的局部图谱特征,有助于科学家进行主链追踪。研究人员还整合了AlphaFold2与从头密度追踪协议,结合两者的优势,实现了比单独使用每种方法更高的精确度。该协议还能为同源多聚物的结构模型准确地分配链身份,这对现有方法来说并非易事。

据介绍,根据图谱建立三维结构模型是利用冷冻电镜研究蛋白质及其复合物不可或缺的一步。虽然冷冻电镜图谱的分辨率已普遍提高,但在许多情况下仍难以追踪蛋白质主链。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41592-023-02099-0

《自然-遗传学》

一种算法框架揭示空间细胞微环境

瑞士洛桑大学Giovanni Ciriello等人发现,CellLigthing NewsCharter可揭示与组织重塑和细胞可塑性相关的空间细胞微环境。相关研究12月8日在线发表于《自然-遗传学》。

研究人员介绍了一种算法框架CellCharter,用于识别、描述和比较空间解析数据集中的细胞微环境。CellCharter的表现优于现有方法,它能在使用不同技术生成的数据集中有效识别细胞微环境Ligthing News。在多个人类肺癌队列中,CellCharter发现了由肿瘤相关中性粒细胞和表达缺氧与细胞迁移标记的癌细胞组成的细胞微环境。这种癌细胞状态在空间上与增殖性更强的肿瘤细胞簇隔离,并与肿瘤相关中性粒细胞浸润和独立患者队列中的不良预后有关。

CellCharter可以进行跨数据类型和技术的系统分析,以解读空间组织结构与细胞可塑性之间的联系。

据了解,组织以细胞微环境为单位,其组成和相互作用可通过空间全息技术进行研究。然而,组织构成的系统分析却受到数据规模和多样性的挑战。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41588-023-01588-4

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作者 Steve Jobs

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